Eigenartigerweise gewöhnt man sich bereits im ersten Level an den Totenschädel, der durchaus über einen gewissen Charme verfügt. Die Entwickler von Skullduggery haben tonnenweise Skelett-Witze ins Spiel integriert, das sich grundsätzlich ähnlich spielt wie Angry Birds: Man zieht an einem imaginären Gummiband, sieht die ungefähre Schusslinie und hebt den Finger vom Display, um den Schuss auszulösen. Tippt man länger aufs Display, wechselt das Spiel in einen Zeitlupenmodus, in dem man präzise Schüsse in Röhren oder gegen Schatztruhen ausführen kann. Die Schussmenge ist beliebig groß, allerdings ist der Spieler mitunter einem Zeitdruck ausgesetzt, der zu raschen Entscheidungen über die Schussrichtung und Schussstärke zwingt.